A identificação de cogumelos permite saber quais os fungos que os produziram e que estão presentes nesse ecossistema, pois cada espécie de fungo investe um cogumelo único e com características particulares. Para além disso conhecer os cogumelos permite tirar algum proveito e benefícios, pois existem muitas espécies comestíveis ou com propriedades medicinais, mas também evitar ou manusear cuidadosamente os cogumelos venenosos ou tóxicos.

O processo de identificação é relativamente complicado e complexo, pois, no início, os cogumelos parecem todos iguais. No entanto, uma observação mais cuidadosa, rigorosa e pormenorizada, considerando algumas características morfológicas (macroscópicas e microscópicas), características mais sensoriais, como o cheiro ou sabor (organolépticas) e ecológicas, permite descobrir muitas diferenças e variações entre os cogumelos.
Contudo, na maior parte das vezes, os cogumelos de uma determinada espécie não apresentam rigorosamente todas as características como são descritos na maioria dos guias de identificação, pois como se encontram expostos aos factores ambientais, como chuva, temperatura e acção dos animais, sofrem modificações constantes.
Para além disso, ao longo do processo de maturação de um cogumelo, ou seja, desde que surge sob o substrato, tornando-se visível, até ao momento em que se encontra muito deteriorado, o cogumelo sofre alterações morfológicas - forma, cores, textura -, que podem confundir durante o processo de identificação. Assim, para uma identificação correcta e segura deverão ser observados diversos exemplares em diferentes fases de maturação.
Por outro lado, para identificar um cogumelo pela primeira vez, é essencial extraí-lo inteiro, com muito cuidado, do substrato onde se encontra (solo, troncos, ramos, folhas, excrementos), pois existem características diagnosticantes que se encontram enterradas.

No processo de identificação, consideram-se algumas características morfológicas e organolépticas do cogumelo e o grupo trófico a que o fungo, que o produziu, pertence.